Лаборатория была открыта для изучения и наблюдения за мерзлотными явлениями Амурской области на базе метеорологической станции, существовавшей с 1912 года.
Впервые в мировой практике были построены три здания с проветриваемыми подпольями, за которыми велись многолетние наблюдения. Рекомендации мерзлотоведов положили начало массовому линейному строительству. Здесь впервые был обобщен опыт строительства на многолетнемерзлых грунтах.
Первыми сотрудниками станции были опальные ученые П.А.Флоренский и В.Г.Каптелев, которые заложили основы мерзлотоведения, опирающегося на разносторонние инженерные знания.
В 1967 году начались изыскания Бамовской линии, к которым Мосгипротранс привлек мерзлотоведов. В 1975 году по приказу Министерства транспортного строительства была создана Тындинская мерзлотная станция, а Сковородинская осталась в качестве полигона. Накоплено бесценное наследие, которым пользуются не только в России, но и в Канаде и на Аляске.